2007年10月26日，新创基金将两笔项目经费划拨中国科大教育基金会，这是新创基金首次向中国科大划拨项目经费。财务总监郭元林核准的“字第0001号”资金审核单，金额15万元，用于郭沫若奖学金额度提升之后的费用。“字第0002号”资金审核单，金额30万元，用于资助100名贫困学生每人3000元爱心奖学金。
新创基金的开支分为两部分：办公经费和项目经费。前者由筹备委员会委员负责，其他校友捐赠不摊销任何办公开支。而项目经费全部用于中国科大建设一流大学的努力。针对两项开支，新创基金制定了清晰严格的财务制度。执行委员会分别制定并通过了办公经费预算、项目经费预算、办公经费财务制度与项目经费财务审批制度（试行）等文件。
此次项目经费划拨，遵循了规定的财务流程。根据项目经费审批流程，新创基金执行委员会同意项目预算中以上两项开支，并书面签字。秘书处10月25日向财务总监提交项目专项资金往来审核单。为谨慎起见，秘书处向全体执委会委员逐一确认，获得授权。10月26日上午11点，财务总监确认申请符合预算规定后，在“字第0001号”郭沫若奖与“字第0002号”爱心奖两张审核单上分别签名确认。随后，通过招商网络银行，两笔经费被划拨中国科大教育基金会。预计两笔款项将在29日左右到达中国银行合肥金寨路支行的科大教育基金会户头。郭奖与爱心奖评选结束后，名单与推荐理由将报新创基金备案。
项目经费的首次划拨，标志新创基金项目全面启动。新创基金将跟踪项目实施，并及时向校友通报实施效果。财务规范、透明是校友基金获得外界信任的关键，新创基金承诺财务公开，定期审计财务状况，并向校友汇报。