2009年12月18日，中国科技大学北京校友会工作会议讨论并原则通过《运行经费审批制度》，并授权财务总监郭元林对文字再次确认。
2006年12月以来，北京校友会开支被界定为项目经费（用于支持中国科大）与运行经费（用于维持校友会运转的人员开支与管理经费等）。自成立起，发起团队承诺在未来若干年内，捐赠总额超过运行经费，保证一般捐赠在实质上全部用于支持母校，而不用于分担运行成本。早在 2006年12月30日的执委会工作会议中，即书面预算制度与运行经费（时称办公经费）的财务制度。三年来，财务总监与秘书长按照运行经费审批制度执行预算。此次执行委员会将已执行数年的制度修订并公开。工作会议审议《北京校友会运行经费审批制度》原则同意，并授权财务总监郭元林对文字再次确认（其后补充书面签字）。
2007年至今，北京校友会运行经费一直通过预算进行规范。《运行经费审批制度》中再次明确运行经费均纳入预算管理，预算需报北京校友会理事会批准后实施。
《运行经费审批制度》对秘书处员工差旅费等进行规范，规定“因公出差的产生的交通费用及住宿费用，应按节约的原则来选择”。并规定在长途旅行应优先选择火车硬卧；住宿以经济型酒店优先。
北京校友会将遵循《项目经费审批制度》与《运行经费审批制度》等财务规章，严格审核支出款项的合理合法性与必要性。运作以来，北京校友会坚持公布财务报告并发布经过独立会计师事务所的审计结论。北京校友会重申秉承财务公开原则，接受校友与社会的监督。
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