肖旭东，毕业于江西省泰和中学，1981年考入中国科学技术大学物理系，1986年获得郭沫若奖学金，并获得理学学士学位。科大毕业后，他考取了李政道先生主持的中美联合物理研究生项目(CUSPEA)，前往美国加州大学伯克莱分校求学，1992年获得博士学位。

1994年肖旭东受聘来到刚成立的香港科技大学任教，并从助理教授晋升为正教授，2004年被中国国家自然科学基金会授予杰出青年科学家基金，2007年至今，肖旭东被香港中文大学聘为教授。